Tomoyo Kurosawa

I en krig mellom Zeon og Jordfederasjonen forsvinner en stjålet prototype Gundam. År senere finner en jente med mystiske evner seg selv som pilot for en ny Gundam i underjordiske mech-kamper mens hun søker svar om kreftene sine.

Hvert 1000. år samles gudenes råd for å avgjøre menneskehetens skjebne. Etter 7 millioner år med menneskelig historie kommer gudene til den konklusjon at menneskene er uforbederlige og må utryddes.

I landet Terra har naturkatastrofer av ukjente årsaker forekommet uregelmessig i mange områder. Derfor har flertallet av befolkningen, for å unnslippe disse naturkatastrofene, begynt å bo i mobile byer utviklet gjennom årene.