Videregående skoleelev Ling Xiaoyu blir rekruttert av Anna Williams fra G Corporation for å overføre til Kyoto University og samle informasjon om en student ved navn Shin Kamiya. Samtidig sender Jin Kazama, nåværende leder av Mishima Zaibatsu, Alisa Bosconovitch til universitetet med samme oppdrag. Selv om de ikke kjenner hverandres sanne motiver, blir Xiaoyu og Alisa nære venner. Men vennskapet deres settes på prøve når Shin blir fanget av en ukjent angriper.

To år etter hendelsene i "Final Fantasy VII" sprer en sykdom kalt 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', seg over planeten. Sykdommen antas å være forårsaket av at kroppen bekjemper fremmed materiale som invaderte kroppen to år tidligere, ved slutten av "Final Fantasy VII". Skyldbetynget og hjemsøkt av fortiden har den tidligere SOLDIERen Cloud Strife valgt å leve et tilbaketrukket, ensomt liv borte fra vennene sine, mens han driver "Strife's Delivery Service", hvis hovedkvarter ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerer som et barnehjem for barn rammet av Geostigma. Her holder Tifa et øye med Barretts seks år gamle datter, Marlene, mens Barret søker over hele planeten etter en alternativ energikilde til planetens energi, Mako. En dag mottar Cloud en telefon fra den tidligere presidenten i Shinra, Inc., Rufus, som ber ham om beskyttelse mot en mystisk mann ved navn Kadaj. Kadaj og hans brødre Loz og Yazoo søker i mellomtiden etter sin "mor", og de ser ut til å tro at Cloud vet hvor de kan finne henne. I mellomtiden har Vincent Valentine vandret over planeten og samlet informasjon om Kadajs planer, og Cloud og vennene hans må samles igjen for å bekjempe disse nye fiendene.

En veteran samurai, som har havnet i vanskelige tider, svarer på en landsbys bønn om beskyttelse mot banditter. Han samler 6 andre samuraier for å hjelpe seg, og de lærer landsbyboerne hvordan de kan forsvare seg, og landsbyboerne forsørger samuraiene med tre små måltider om dagen. Filmen kulminerer i et stort slag når 40 banditter angriper landsbyen.