Året er 2016. Stedet er New Port City. Tankpolitiet fører fortsatt en desperat krig mot kriminaliteten, og taktikken deres er fortsatt svært tvilsom. Borgermester Weatherby prøver å få vedtatt et lovforslag som forbyr visse våpen i byen, noe som gjør henne til et mål for Dai Nippon Geiken Corporation, som nå produserer mobile våpen som til og med Tankpolitiet kanskje ikke kan stoppe. Dai Nippon Geiken er også koblet til drapet på Leona Ozakis tidligere partner, Charon Ishira, noe som gjør kampen enda mer personlig for Tankpolitiets fremste offiser, som vil gjøre alt for å hevne partneren sin. Men kan hun betale den høye prisen hevnen krever?

Akira, en lærer fra Tokyo, har nettopp ankommet en liten bygd for å begynne i sin nye jobb. Kort tid etter ankomsten møter han Miki, en papirmaker som er del av en stor og uvanlig familie, og han begynner å falle for henne. Da han hører om en gammel legende om at familien bærer på forbannelsen til Inugami, eller Hundeguden, avfeier han det som tøvete overtro. Etter en rekke mystiske dødsfall begynner imidlertid bygdefolket å bli urolige, og Akira må konfrontere sannheten om Miki og hennes familie.

To år etter hendelsene i "Final Fantasy VII" sprer en sykdom kalt 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', seg over planeten. Sykdommen antas å være forårsaket av at kroppen bekjemper fremmed materiale som invaderte kroppen to år tidligere, ved slutten av "Final Fantasy VII". Skyldbetynget og hjemsøkt av fortiden har den tidligere SOLDIERen Cloud Strife valgt å leve et tilbaketrukket, ensomt liv borte fra vennene sine, mens han driver "Strife's Delivery Service", hvis hovedkvarter ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerer som et barnehjem for barn rammet av Geostigma. Her holder Tifa et øye med Barretts seks år gamle datter, Marlene, mens Barret søker over hele planeten etter en alternativ energikilde til planetens energi, Mako. En dag mottar Cloud en telefon fra den tidligere presidenten i Shinra, Inc., Rufus, som ber ham om beskyttelse mot en mystisk mann ved navn Kadaj. Kadaj og hans brødre Loz og Yazoo søker i mellomtiden etter sin "mor", og de ser ut til å tro at Cloud vet hvor de kan finne henne. I mellomtiden har Vincent Valentine vandret over planeten og samlet informasjon om Kadajs planer, og Cloud og vennene hans må samles igjen for å bekjempe disse nye fiendene.

En veteran samurai, som har havnet i vanskelige tider, svarer på en landsbys bønn om beskyttelse mot banditter. Han samler 6 andre samuraier for å hjelpe seg, og de lærer landsbyboerne hvordan de kan forsvare seg, og landsbyboerne forsørger samuraiene med tre små måltider om dagen. Filmen kulminerer i et stort slag når 40 banditter angriper landsbyen.