2977: I mange år har en mektig kamp rast over galaksene mens 500 milliarder mennesker, hvis forfedre ble forvist fra Jorden, planlegger å vende tilbake til det som fortsatt kalles hjem. Tvunget til å flykte fra en herjet Jord, har menneskene nå tømt de galaktiske kroker de flyktet til. Jorden har nå blitt den mest verdifulle og kostbare ressursen av alle, kontrollert av den korrupte Gaia-koalisjonen som styrer menneskeheten over de forskjellige galaksene. Etter å ha blitt forvist og baktalt under Hjemkomstkrigen, er Kaptein Harlock og hans trofaste mannskap på slagkrysseren Arcadia menneskehetens eneste håp om å avdekke de hemmelighetene Gaia har holdt skjult. Koalisjonen har krevd Harlocks død, og Gaia-flåtens nye leder, Ezra, ber sin yngre bror, Logan, om å infiltrere Arcadia og deretter myrde Harlock, og dermed utrydde for alltid den ene mannen som står mellom Koalisjonen og deres totale kontroll over universet. Logan må gjøre et svært personlig offer og oppdage at ting ikke alltid er som de ser ut til. Samtidig vil Kaptein Harlock og hans mannskap fortsette sitt oppdrag, på jakt etter hevn mot Koalisjonen og etablere tilbakekomsten til Jorden.